生信盒子

佚名 5年前 (2019-04-15) 随笔 1343人围观抢沙发百度已收录

生信盒子

（1）https://shengxin.ren/article/443 这个教程还不能运行过去

（2）出现的问题：一些图运行不出来，有可能是数据的原因，进入不到程序里的if语句，是GUI界面做的时候有些bug。

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解决方案：直接用源代码运行，需要把前面的数据导入里面，可能会遇到一些未知的错误（前面导入变量不全），而且和GUI结合，是不是一些语句还需要修改，如果前面把数据处理好了，就好办了

（3）聚类树，选择多少4*10^4 ，出现三类

（4）每一类多少个默认30个

生信盒子的数据测试

用生信盒子运行宝贝的数据WGCNA出错：

plotDendroAndColors 出错，又不出错了

h554

#mgCor
      mgCor=data.frame(colnames(tmp),moduleTraitCor[1,],moduleTraitPvalue[1,])[order(-moduleTraitCor[1,]),]
     colnames(mgCor)=c("gene","R","P.value")
     write.table(mgCor,file = paste0("ModuleHubGeneDetail_",m,".txt"),sep = '\t',quote = F,row.names = F)

 mgCor=data.frame(colnames(tmp),moduleTraitCor[1,],moduleTraitPvalue[1,])[order(-moduleTraitCor[1,]),]
Error in data.frame(colnames(tmp), moduleTraitCor[1, ], moduleTraitPvalue[1,  : 
  参数值意味着不同的行数: 0, 290

h630

# Export the network into edge and node list files for Cytoscape
>       cyt = exportNetworkToCytoscape(modTOM,
+                                      #edgeFile=paste("CytoEdge",paste(m,collapse="-"),".txt",sep=""),
+                                      #nodeFile=paste("CytoNode",paste(m,collapse="-"),".txt",sep=""),
+                                      weighted = TRUE, threshold = cutNet,nodeNames=modProbes,
+                                      nodeAttr = mergedColors[inModule])
Error in exportNetworkToCytoscape(modTOM, weighted = TRUE, threshold = cutNet,  : 
  Cannot determine node names: nodeNames is NULL and adjMat has no dimnames.